Aynı anlamı karşılamak üzere kişi adı olarak kullanılan Kağan ve Kaan adları arasındaki ayrım, temelde Türkçe ve Moğolca arasındaki bir farka dayanmaktadır.

Yönetime ilişkin unvanlar ekseriyetle coğrafi bölgelerle kaimdir. Bu bölgelerin ele geçirilmesi suretiyle diller arasında sıklıkla el değiştirir ve bu adların kökenini tespit etmek kimi zaman güç olabilir. Bu bâbdan olmak üzere, hükümdar unvanı olarak kullanılan Kağan/Kaan adının kökeni de meçhuldür. Mevcut bilgilere göre kelimeyi ilk kullananlar Siyenpiler (Hsien-pi) olsa da, kelimenin etimolojik açıklamasının Türkçe içinde yapılamaması, farklı bir köken ihtimalini güçlendirmektedir.

Bu ad, eski Türkçe metinlerde "Kagan/Kağan" olarak geçer. Kelimenin en sık kullanıldığı kaynaklardan Orhon Yazıtlarında sözcük aşağıdaki şekilde yazılır ve kağan yahut kagan olarak okunur:

Kaan ise, bu adın Moğolcasının değiştirilmiş ve Türk telaffuzuna yaklaştırılmış hâlidir. Moğollar sözcüğü aşağıdaki şekilde yazar ve xaan (khaan, hırıltılı h sesi ile haan) olarak okurlar:

Her ikisi de günümüz Türkiye Türkçesinde yerleşmiş bulunan ve kişi adı olarak kullanılan kağan ve kaan kelimelerinden Türkçe aslına yakın olanı, izah edilen sebeple, kağan kelimesidir.